國民黨執政時期，在2000年4月曾提出「基隆河整體治理計畫規劃總報告(草案)」及「基隆河整體治理方案」報行政院核定，行政院核示所需經費初估高達1,050億元且須拆除數千民房，應再詳細研擬其他可行替代方案。
至民進黨執政後始裁示，推動員山子分洪計畫工作，並於2001年核定員山子分洪工程計畫，根據主計總處基隆河整體治理計畫（前期計畫）特別決算總說明，該計畫預算數為316.2億，實際決算數為303.3億，較預算數節減12.9億，其中包括員山子分洪主體工程總工程費39.94億元。
值得注意的除了民進黨執政時的執行力及預算節省外，員山子分洪道在2005年完工後，北部地區多次遭受包括泰利颱風、柯羅莎颱風、辛樂克颱風、蘇拉颱風等侵襲時，均有效地發揮其分洪的作用，2015年9月份的杜鵑颱風襲台，更是創下歷來分洪總量最高的紀錄。
2004年時馬英九曾認為「員山子分洪無助疏洪」，國民黨的水利專家李鴻源更認為「分洪如果可行，20年前早就做了」。但多年來的事實證明，員山子分洪道的啟用，根據相關記錄確實有效地改善了基隆河周邊地區長期以來的水患。
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參考資料：
颱風杜鵑雨量驚人 員山子分洪量創新高
http://www.cna.com.tw/news/afe/201509290443-1.aspx
行政院主計總處—中央政府基隆河整體治理計畫（前期計畫）特別決算總說明
http://www.dgbas.gov.tw/public/Attachment/07713535671.pdf
行政院工程委員會—基隆河員山子分洪工程
http://wcis.pcc.gov.tw/files/15-1004-336,c121-1.php
水利署第十河川局—基隆河整體治理計畫（前期計畫）
http://www.wra10.gov.tw/ct.asp?xItem=44520&ctNode=30796&mp=10
http://publish.tpc.gov.tw/book/laborbook/no.16/public-engineer/in_02.htm
員山子分洪發揮功能，有效紓解大台北水患壓力（柯羅莎颱風—經濟部水利署2007/10/07）
http://www.wra.gov.tw/ct.asp?xItem=32472&ctNode=5281&comefrom=lp
員山子分洪道未起作用
http://www.appledaily.com.tw/appledaily/article/headline/20040912/1227097/
